Der Verein zur Erhaltung der Isenburg e.V. betreibt auch das Museum im Haus Custodis. Ein Prachtstück der Ausstellung ist das Rekonstruktionsmodell der einst gewaltigen Burganlage, denn das historische Erscheinungsbild der Wehranlage ist nicht überliefert. Neben vielen Fundstücken aus Grabungen ist im Museum auch ein Faksimile der Original-Urkunde mit der ersten Nennung der Burg aus dem Jahre 1200 zu sehen.